PCRE_CASELESS, PCRE_MULTILINE, PCRE_DOTALL, PCRE_UNGREEDY, PCRE_EXTRA, PCRE_EXTENDED and PCRE_DUPNAMES 等模式修饰符设置可以在模式内部通过一个 perl 选项字符序列来设置， 语法为:(?修饰符)，可用的修饰符有：
| i | for PCRE_CASELESS |
| m | for PCRE_MULTILINE |
| s | for PCRE_DOTALL |
| x | for PCRE_EXTENDED |
| U | for PCRE_UNGREEDY |
| X | for PCRE_EXTRA |
| J | for PCRE_INFO_JCHANGED |
比如，(?im) 设置表明多行大小写不敏感匹配。同样可以用它来取消这些设置， 比如 (?im-sx) 设置了 PCRE_CASELESS，PCRE_MULTILINE， 但是同时取消了 PCRE_DOTALL 和 PCRE_EXTENDED。 如果一个字母即出现在 - 之前, 也出现在 - 之后，这个选项被取消设置。
当一个选项在模式的最上级(也就是说不在子组中)时， 这个改变会影响模式中剩余部分。比如 /ab(?i)c/ 仅仅匹配 ”abc” 和 ”abC”。 这个形式在 PCRE 4.0(PHP 4.3.3) 中被改变。在此之前的版本中， /ab(?i)c/ 行为和 /abc/i 完全一致。
如果一个选项在子组中设置，产生的影响是不同的。这是 perl 5.005 中行为的一个变种。 一个选项在子组内部设置，仅仅改变子组中剩余的部分， 因此 (a(?i)b)c 仅仅匹配 ”abc” 和 ”aBc” (假设没有使用 PCRE_CASELESS 选项)。 这就意味着选项在模式的不同位置可以造成不同的影响。 在同一个子模式中， 一个分支的选项设置回穿透到后面剩余的其他分支中去。 比如 (a(?i)b|c) 匹配”ab”， “aB”， “c” 和 ”C”。 尽管在匹配 ”C” 时第一个分支会在选项被设定前就被丢弃。 这是因为选项的设定是在编译期确定的，否则可能会带来非常怪异的行为。
PCRE 专用选项 PCRE_UNGREEDY 和 PCRE_EXTRA 可以和 perl 兼容选项以同样的方式来改变， 分别使用字母 U 和 X. (?X) 标记设定有些特殊，它必须出现在任何其他特性之前， 最好放在最开头的位置。