为什么升级安装完成以后,重新启动,又恢复原来的设置?

我在redhat9.0下完全安装,后来我做httpd2.2.4,mysql5,php5.0.41和libxml2.6.27的升级,开始的时候,总是不能安装成功,都是按照教程安装在/usr/loca/apache,   /usr/local/mysql , /usr/local/libxml2 目录下,总是不能安装成功,后来安全成功以后,也测试已经启动了,可是重新启动系统以后,又恢复旧的版本,为什么?我应该注意哪些地方?